第一發狙擊劃破天際！ 柯南與少年偵探團來到堪稱日本第一高的BELL TREE塔(標高635公尺)，正當他們在瞭望台觀賞絕佳美景時，突然看見遠處出現一道閃光…。下一個瞬間，一枚子彈便貫穿了玻璃窗，射中一名男子的胸口！ 就連ＦＢＩ也被擺了一道！與謎樣的狙擊手展開追逐戰！ 「居然是從那麼遠的距離射擊…，難道是他們！」柯南與女高中生偵探・世良真純尾隨嫌犯所騎乘的摩托車，展開了一場激烈的街頭追逐，但由於嫌犯拋擲手榴彈導致警車接連不斷的爆炸，情況極度危急。這時候，FBI探員茱蒂等人緊急趕至現場，雖然及時解救了身陷險境的柯南與世良，然而嫌犯卻早已跳入海中不見蹤影。 隱藏的身影，被遺留下的謎團．．． 日本正面臨一樁前所未有的大事件，警方與FBI聯手進行大規模調查，進而得知BELL TREE塔那一槍射擊距離之遠，絕非一般人所能辦到。而此次狙擊事件的關鍵線索，則是留在命案現場的步槍彈殼與一顆停在4點的骰子，這究竟代表著甚麼含意…。此時，一張面孔在茱蒂的腦海中一閃而過，那個人就是命喪黑暗組織手中的FBI探員・赤井秀一。 閃光再度出現！全東京陷入恐慌！！ 儘管警方與FBI全面展開天羅地網般的嚴密搜查，但就像是在刻意嘲笑似的，在柯南眼前竟然又發生了第二起的狙擊事件！而這次命案現場則是發現了空彈殼與一顆三點的骰子。「如果這意味著倒數的話．．．」媒體將連續狙擊事件大肆報導，網路上也熱烈討論得不可開交，整個東京已經陷入恐慌的漩渦中。此時，謎樣的研究生・沖矢昴也自寂靜中開始採取行動…… 究竟狙擊手所策劃的最終目的為何？ 當紅心對準下一個目標時，復仇的子彈將威脅到柯南、世良以及小蘭等人的命運！ 那不為人知的秘密，如今，真相的大門即將隨著聲響而開啟．．．！

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