V.1 就在鈴木財團展出記憶彩蛋的同時，柯南最強的對手--怪盜基德計初犯案預告信，公然宣佈將在眾目睽睽下奪取這無價的皇家藝術之寶，柯南、小五郎、灰原哀、小蘭一行人，受邀解讀預告信線索，不料發生致命性的錯誤，基德偷走成功記憶彩蛋之後，基德卻遭神秘殺手狙擊，墜海失蹤......
V.2 小蘭的母親妃英理,目暮警官,阿笠博士等人,接無故遭到神秘人的暗殺,一連串的事件正陸續發生.奇怪的是,每個受害人似乎都與毛利小五郎有某種程度上的關聯,而每一個凶案現場都遺留著詭異的撲克牌,到底其中的數字代表什麼涵義?誰又將是下一個狙擊的目標?柯南在偵查的過程中亦逐漸踏入神秘人安排的陷阱之中,危機四伏.眼看身旁的受害著一個一個倒下,足智多謀的柯南能適時化解危機,改變所有人的命運嗎?
V.3 市區發生一連串的炸彈爆炸事件,歹徒高明的犯案法令警方疲於奔命,苦無破案線索,柯南再辦案過程中亦面臨了有史以來最大的推理挑戰.在危機四伏的惡劣情勢下,名偵探柯南將如何破解大都會中的黑暗之謎呢....
V.4 在一場大型電腦模擬遊戲「繭」的發表會上，結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入一部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦的操作讓遊戲者沉睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。 另一方面，「繭」的研發者兼負責人─堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，一個自稱「諾亞方舟」的人工智慧闖入「繭」的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的５０名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣佈：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有一個人能夠存活到最後就算你們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」 開始了一場失控的遊戲，少數知道柯南身份，同時也是工藤新一的父親，世界名推理作家─工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南一行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南一行人必須在「繭」所設定重現的１９世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰一連串的考驗。 一場結合虛擬實境與現實，用５０條生命為賭注的遊戲即將開始！
V.5 柯南一行人在露營的回家途中順道參觀一座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也 邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的一模一樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裡卻出現了多位與此建築物有著不同關係的人士！不久之後第一個殺人事件發生了…。而且， 令人不敢相信的是《黑暗組織》的成員竟然同時也在大樓附近出現， 這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裡究竟是在跟誰 聯絡…。而柯南的真正身份會被那些傢伙發現嗎？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天 大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵──也就是當初逼迫工藤新一喝下毒藥使他身體縮小的兇手─《黑色組織》展開一場史上最恐怖的攻防戰…
V.6 續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害。警官連續殺人事件。遇害的兩位刑事都手握警察手冊，氣絕身亡。這意味著甚麼？對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？警視廳正對此兇殺案件及有關的人事物及警察組織內部是否有可疑人士等方面，開始著手進行搜查。巨大組織的內部秘密如高牆般不可窺探！遭逢殺人事件的江戶川柯南與小五郎前去警事廳詢問向目暮警官、白鳥警官詢問有關殺人事件的情報。但是、一直很友善的倆人卻以此事不可告之，而回絕了。不過，在小五郎努力追問下，白鳥警官回了一句「Need not to know﹝不須要知道﹞……」這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部組織有關。小蘭也遭魔掌偷襲這時候發生了第三個事件，小五郎、柯南和多名警察參加白鳥警部妹妹的婚宴，突然停電，小蘭和女警佐藤都在化粧室，正當小蘭拿起身旁的手電筒時，槍聲響起，佐藤女警為掩護小蘭而挨槍，聽到槍聲小五郎等人湧入化粧室，犯人卻已不著痕跡地脫逃。小蘭則因為受到佐藤女警掩護自己而受重傷昏迷的打擊，喪失了包含事件在內的所有記憶。真相到底是……為了逮捕讓重要的獨生女捲入殺人事件的犯人，小五郎努力的收集情報，但隱藏在警察組織內部的秘密，卻如銅牆鐵壁一般無法探知。《Need not to know.﹝不須要知道﹞》於是柯南獨自開始調查。為了保護小蘭的生命，以及為了讓小蘭想起和工藤新一之間的記憶，誓死也要把精心策劃完全犯罪的兇手給抓出來。
V.7 在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害；與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」的成員。 另一方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委託他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！ 瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新一並稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查！
V.8 某日，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。原來是牧樹里收到怪盜基德的預告信，信中明言怪盜基德將在舞台上奪取她所佩帶的藍寶石戒指－「命運的寶石」，因此牧樹里希望毛利小五郎能負責保護寶石的工作。根據小五郎的推理，基德將於演出的最後一天出手盜取這顆無價的寶石，於是小五郎、小蘭與柯南等人便安排於當天出席觀賞舞台劇。大夥莫不狐疑在劇場錯綜複雜的人群中，基德到底會假扮成誰的模樣現身？誰知經歷一陣緊張的埋伏等候之後，出現在大家面前的竟然是工藤新一！？柯南一方面必須保護寶石，一方面又不能拆穿基德假扮工藤新一的事實，因為這樣做就等於是公開自己身體縮小的秘密，於是只好盯緊假的工藤新一，一刻都不能鬆懈。然而就在舞台劇即將落幕之際，柯南發現假的工藤新一不見了，儘管柯南隨即起身追捕，但還是在一片混亂之中讓基德給逃脫了。所幸「命運的寶石」終究是保住了，牧樹里為了表示感謝，遂邀請小五郎、小蘭與柯南等一行人前往北海道函館的別墅度假，同行的還有一起演出舞台劇的其他演員。然而，就在這架飛往函館的飛機艙內，一齣精心設計的殺人劇碼竟然在眾人面前活生生地上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群之中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件之謎，到底柯南將如何面對這個艱難的挑戰……
V.9 15年前，北大西洋的海上。 一艘在深夜濃霧中航行的貨輪「第一八代丸」，由於未能及時發現前方的巨大冰山，在猛烈的撞擊後引擎室受到重創，整艘船也在不久之後沉沒，雖然大多數的船員都順利獲救，但船長與一名船員還是不幸罹難。 時間來到了現代，東京西多摩市的別墅勝地。 「八代造船」是大財閥八代集團的成員之一。該公司的設計師八代英人在駕車時突然心臟病發作，連人帶車衝向山谷，車子在墜落山谷後隨即起火燃燒，八代英人也在這起意外中喪生。 跨越15年時空，這兩起分別發生於海上與陸地的意外，沒想到居然會是一樁即將展開之陰謀的序幕。 豪華客輪「愛芙羅黛蒂號」正航行於太平洋上。柯南、小蘭、小五郎等一行人在園子的招待下，前往參加「愛芙羅黛蒂號」的處女航行。這次的受邀者都是政財界以及社交界的頂尖人物，而這艘美麗的尤物也不負眾人所望，演出了一場名符其實的華麗航海秀。然而，這場華麗的航海秀卻突然蒙上了一層陰影。 此時，混入船上的詭異人物趁機襲擊園子並加以監禁，雖然後來園子在柯南的推理下平安地被救出，但沒過多久卻又發生了殺人事件，被害者是八代客輪的社長八代貴江，她正是半個月前在西多摩市意外死亡的八代英人的妻子；而緊接著這起殺人事件之後，八代集團的會長八代延太郎（貴江的父親）竟也突然在船上失蹤。目暮警部在獲報後，隨即率領調查人員搭乘直昇機前往愛芙羅黛蒂號。除了負責管轄的海上保安廳展開積極的偵查外，陸上的警視廳也決定要重新調查日前在西多摩市發生的意外。在海陸兩路接連佈下搜索網的同時，柯南也利用船上的線索展開他的獨立推理，此刻在船上的600名船員與乘客個個都有嫌疑，而犯人也設下了時間陷阱等待著眾人上鉤。這時候的小五郎當然也不甘示弱，他做出了與警方、柯南完全不同的推理，他這次究竟是跟以往一樣胡亂猜測？抑或是根據身為偵探的第六感而認真做出的推理呢？ 在警方、柯南、小五郎調查的背後，犯人設下的巨大陰謀正式展開！ 這場處女航行的重頭戲——歡迎酒會就在這種人心惶惶的氣氛中開始，而小五郎與柯南也在會場中展開了一場推理大賽。原本以為還差一步就能找到事件的真相，沒想到此時船內的引擎室卻突然發生大爆炸原來犯人在愛芙羅黛蒂號的主要設備上裝置了炸彈。爆炸後搖晃不停的船身讓船員與乘客陷入一片恐慌，船上600條人命已完全掌握在犯人的魔掌之中。在無路可逃的海上發生的這場大混亂，也使小蘭面臨了生命危險。犯人的目的究竟是什麼？柯南與小五郎是否能粉碎犯人的陰謀，順利救出小蘭呢？而柯南（新一）與小蘭這段跨越時空的感情牽絆，正是解開這一連串事件的最大關鍵！
V.10 「我想請你們幫我解決某起事件，但如果你們失敗的話...」 在神秘委託者的招待下，小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 「你能了解失去心愛的人，是什麼樣的心情嗎？工藤」 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身分，難道是...就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走成為了人質。追查著怪盜基德的「高中偵探始祖」白鳥探，也接到了神秘男子的委託。這些偵探們將與柯南一同挑戰謎題。但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時，卻同時也面臨著一連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德，居然也在此刻現身！柯南、平次、白馬、基德以及小五郎與其他刑事們，將攜手挑戰這次的強敵。時間一分一秒地逼近著，當大家就要解開所有的謎題時，敵人卻又設下了最後一道陷阱。柯南的身體究竟會...？
V.11 在小五郎的帶領下，柯南一行人來到位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安．寶妮」、「瑪莉．麗德」所遺留下來的寶藏傳說。在海底宮殿附近的海底享受潛水樂趣的小蘭和園子，意外遇到了一群正在尋找寶物的寶藏獵人，不料其中一名獵人突然遭到鯊魚群的攻擊，小蘭和園子雖然幸運逃離，但該名獵人最後還是不幸身亡，聞訊趕來的柯南發現這名獵人的死因相當詭異，於是便與灰原一起展開調查。這名獵人是否是因為海盜留下來的寶藏而遭到殺害？柯南等人一邊尋找著行蹤詭異的獵人下落，一邊試圖解開那則疑似為整個事件起因的寶藏傳說，以及案發現場海底宮殿的謎題。經過一番調查之後，他們找到了一個神秘的名詞「JOLLY ROGER（海盜旗）」，正當柯南就快要將整個傳說的謎題解開之際，原本被發現的部分寶藏卻突然遭神秘獵人奪走。這些獵人的魔掌，最後甚至伸到了小蘭和園子身上，他們的目的究竟是......隱藏於傳說中的訊息究竟為何？海底宮殿又有什麼秘密？穿越300年時光的暗號，即將由柯南一一解開!
V.12 最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝著柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？音樂會當天，柯南在進入會場之前遭到某人襲擊而失去了意識，但小蘭等人卻完全不知道這件事，仍繼續朝著會場走去。不久，這場音樂會終於開始了…突然間，外面的大廳發生大爆炸，使得周圍陷入了一片火海。不過，由於音樂廳內部並沒有受損，而且是在完全的隔音狀態下，因此場內的觀眾完全沒有察覺到爆炸的發生，音樂會也就繼續進行著。即使如此，音樂廳外部的爆炸仍持續不斷發生，包含小蘭、灰原與少年偵探團等1000名以上的觀眾，就這樣不知不覺中被困在音樂廳內部而成為人質。此時，小蘭察覺到了一件事。她發現現場演奏的旋律，是她和新一就讀國中時曾經聽過的旋律。這首曲子是否就是破解事件真相的關鍵？柯南在醒來後，也隨即趕去尋找小蘭。柯南能否順利解救小蘭等人脫困？而在這道旋律的背後，又到底隱藏著什麼樣的真相呢？
V.13 梅雨季剛結束不久，在東京、神奈川、靜岡、長野等地，連續發生了六起連續殺人案件。由於被害者身邊都遺留著神秘的麻將牌，因此被認定為由同一嫌犯或組織所犯下的大範圍連續殺人事件。這引起警政高層的高度重視並召開搜查會議，包括目暮警官、各縣刑警以及毛利小五郎等人都來參加。 ◎為什麼要先誘拐被害者，並在其它地方加以殺害？ ◎麻將牌是誰留下來的？ ◎被害者在最後留下的神秘話語「七夕…京...」 在找不出這些謎題答案的情況下，會議只好暫告中斷。此時，柯南卻意外發現一名刑警中途離席，而且搭的是黑暗組織成員「琴酒」的車！這黑暗組織就是將高中生工藤新一身體變小的罪魁禍首，而柯南的發現也代表著黑暗組織已滲入搜查會議，難道這些連續殺人案件就是黑暗組織所為？ 黑暗組織的成員突然變得異常活躍，香緹與科倫負責妨礙警方的調查，苦艾酒負責追蹤殺人事件的進展。琴酒與伏特加計劃暗殺重要人物，另外還出現一名神秘人物‧愛爾蘭。就在警方調查該事件的同時，與柯南、新一有關的帝丹小學及高中卻遭到不明人士入侵。正當柯南察覺黑暗組織的陰影正朝著自己逼近之際。
 

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