11月20日(日)東都足球場。江戶川柯南與少年偵探團、灰原,一起來到球場觀賞足球比賽。在在同一時刻,毛利偵探事務所突然接到一通預告將進行大規模爆炸玻擊的電話!這不是遊戲或假消息。宛如是在對小五郎挑釁般,停在事務所外路邊的汽車剛好在此時爆炸!姐止犯人的方式只有一個,那就是解開犯人留下的神秘暗號!炸彈究竟被裝在哪裡?在目暮警部的陪伴下,小五郎與小蘭於米花市內四處尋找炸彈,卻被這個神秘暗號耍得團團轉,完全找不到線索。時間只剩在最後45分鐘!柯南(新一)接到一籌莫展的小蘭打來的電話,才知道這起嚴重事件的發生,並在窘迫的時限下試圖解開暗號...。他是否能成功破解暗號呢?即便是被逼迫至最絕望的境界,柯南偌不放棄解決事件,然而犯人卻趁著爆炸的煙霧逃離了現場...。下一個目標究竟是哪裡?犯人究竟是誰?又為什麼要盯上小五郎?柯南最後成功解讀隱藏於這封挑戰書上的暗號,同時察知了「某件事」。這也是被隱藏於這起事件之中的恐怖陰謀!