雙面人的身分，到此為止了——。由「黑」來制裁「黑」——德國、加拿大，以及倫敦。在世界各國都發生了黑暗組織策動的暗殺事件！這些暗殺對象的共同點是？組織的目的又是？琴酒的腳步再不久就要邁向日本。這齣暗殺的戲碼才只是開始而已。命中註定的相遇，就這麼突然地——東都水族館剛進行了大規模的翻新，特地前去見識該館招牌設施——世界首座「雙輪式巨型摩天輪」的柯南一行人，在那裡遇到一名受傷的神祕女子。該名女子看來似乎是因為某些原因導致失憶，而尋找記憶的線索就只有一支壞掉的手機。柯南與少年偵探團決定要一起幫忙找回她的記憶，灰原此時也發現異狀，那名女子竟然有著左右眼顏色不同的「雙色瞳」。被揭穿的雙面人身分！由於眼睛的特徵一樣，灰原擔心該名女子的真實身分有可能是黑暗組織的第二號人物「蘭姆」。另一方面，柯南原本要找尋機會向宿敵逼近，但那名女子在看著摩天輪時卻突然病發，她喃喃自語地唸著：「司陶特、雷司令、阿夸維特、基爾、波本…」。她的真面目果然是黑暗組織的一員！就在她被送入警察醫院戒護的不久後，FBI和公安似乎認為時機已經成熟，也悄悄地出動了。互相爭奪〈祕密〉吧！根據FBI成員赤井秀一的調查，目前已知日本警方手上的一份資料遭人盜走，那是間諜的名單「NOC名單（非官方臥底名單）」。這份資料要是落入黑暗組織手裡，全世界的諜報機構就會被瓦解，而潛入黑暗組織的公安‧安室透與CIA成員水無怜奈的性命也將面臨危險。柯南和赤井決定聯手追查這起事件，然而安室與水無此刻卻已被琴酒拘禁。這時候，一旁的苦艾酒手機突然響起，在電話那頭下達命令的「那一位」竟然是……。被宿命引導的名偵探、FBI、公安、黑暗組織！這場饗宴的舞台，就是藏有祕密的巨型摩天輪！染上純黑的記憶，將開啟通往頂上決戰的大門——！

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