被史密斯電腦幹員(雨果威明飾演)「附身」的戰鬥氣墊船成員,隨著時間一分一秒的過去,被史密斯逐漸強大的力量所控制,將在「真實世界」跟「母體」展開裡應外合的陰謀 。「祭師」指點尼歐最後一次迷津,雖然尼歐知道「祭師」不過是另外一個電腦程式,所說的話可能也是「母體」企圖控制他陰謀的一部份,還是接受了。 靠著奈爾碧(潔妲蘋姬史密絲飾演)的幫助,尼歐跟崔妮蒂做了一個大膽的決定,前往沒有人類到達過的境界,這趟危機四伏旅程目的地是蓋在地表高處的「機器世界」。在這個超級龐大的機器都會,尼歐必須面對「機器世界」最強的力量「解圍人物」( the Deus Ex Machina )相逢,使出最後一擊,替垂死的世界帶來最後一絲希望。 這場戰役將在今晚做個了結,尼歐的命運與兩個世界的未來,都繫於他與史密斯幹員在滂沱大雨中的最後決戰.....