1927年4月17日，國民政府定都南京的前夕，在南京舉行的中央政治會議第74次會議中，李煜瀛（石曾）先生提出設立中央研究院案，決議推李煜瀛、蔡元培（孑民）、張人傑（靜江）3位先生共同起草組織法，此為設立本院最早的紀錄。同年5月9日，決議設立籌備處；7月4日，將正在籌設的中央研究院改列為中華民國大學院的附屬機關之一；11月12日，大學院院長蔡元培先生聘請學術界人士30人，在大學院召開中央研究院籌備會，展開籌備工作。1928年4月10日，國民政府修正中央研究院組織條例，成為不屬於大學院的獨立機關；23日特任蔡元培先生為院長；5月，啟用印信；6月9日，舉行第1次院務會議，宣告正式成立。
抗戰前，本院先後成立了10個研究所，分設京、滬兩地。及至抗戰爆發，本院奉命西遷，分處昆明、桂林、重慶等地。戰爭結束後，方陸續復員，東還京、滬。1949年，再播遷來臺，及時撤遷者只有歷史語言與數學兩個研究所，圖書文物則暫時存放在楊梅火車站倉庫。在朱家驊代院長多方奔走下，方於1954年在南港現址營建院區。來臺後，復經胡適、王世杰、錢思亮、吳大猷、李遠哲等院長之戮力經營，始有今日之規模。現任院長為翁啟惠院士，接任於2006年10月19日；副院長為王瑜、陳建仁、王汎森三院士，襄助院長處理院務。
任 務本院為中華民國學術研究最高機關，任務如下：一、 人文及科學研究。二、 指導、聯絡及獎勵學術研究。三、 培養高級學術研究人才。
未來，本院仍將秉持良好的學術傳統與研究基礎，開發新的科學知識、培育更多年輕優秀的人才以及研議良好的政策建議，並持續加強對當代社會、人文與世界的關懷，藉以豐富人類的文明，創造更美好的世界。

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