館藏國畫數量約3182件，其中以民國後的畫作數量最多，其次是清代的作品，而唐、宋、元、明則佔少數。將國畫的數位化按照重要性順序分三階段完成，優先處理以「渡海三家」（張大千、溥心畬、黃君璧）為主題的館藏品。第二順位的數位化作品則傾向於處理唐、宋、元、明、清的畫作。第三順位排定的原則，以處理近、現代與部份當代畫家的作品，包括胡克敏、金勤伯、劉延濤、傅狷夫等畫家。
國立歷史博物館開館以來，即重視文物之美，闡揚文化意涵與美感。對於傳統國畫的典藏除了歷代作品外，更留意民國到當代作者的作品，典藏來源除了購藏，也有民間的捐贈，長久以來的蒐藏使得本館國畫的數量非常可觀，成為近代國畫收藏的重鎮之一。在眾多的藏品當中不乏名師之作，尤其是以張大千、黃君璧、溥心畬、傅狷夫、金勤伯等人收藏頗多；還有如吳昌碩、齊白石、黃賓虹等民初重要畫家的作品，與少數唐、元、明、清代的精采表現。整體而言體現了近現代的水墨發展。

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